菌种在传代过程中，因遗传物质发生变异而引起的原有的优良性状渐渐消失或变坏，出现长势差、发酵效价不高、质量不好、菌落丛生等现象。这些现象人们泛称为“退化”。 菌种退化是一个渐变的过程，发生有害变异的个体在群体中显著增多以至占据优势时才会显露出来。因此尽管个体的变异可能是一个瞬时的过程，但菌种呈现“退化”却需要较长的时间。菌种退化的本质是染色体的变异，自然界中生物体发生变异是绝对的，如果这种变异朝着人们认为是坏的方向发展，就会造成退化。菌种的整体性能，在不因外界因素而逐渐变差，且会遗传给下一代，就称为菌株退化。

需要注意的是，退化和老化是两个截然不同的概念。菌种培育过程中随着菌龄的增加， 养分不断消耗，菌种必然会出现老化现象。菌体老化后，其生命力衰退，色素分泌增加，细胞中空泡增多，甚至破裂。老化的菌种接入培养基后表现为菌丝生长慢、抵抗杂菌能力弱、产酶能力下降等。老化现象不会传给子代，这是与退化的最大区别。所以，一旦菌株出现了异常现象，首先要分清是老化还是退化，或是单纯因为外界培养条件发生变化而引起。如果是因老化或外界条件变化引起的异常, 采用新的培养基及适合的培养条件后菌株生长会恢复原状；如果是因退化而引起，则不会改变生长的恶劣状况，这时就要对菌株进行复壮。本文将对菌种退化的原因加以简析，并给出相应有效的预防措施及复壮技术。