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核心思路:将SSB蛋白和sgRNACas9蛋白构成的核糖核蛋白复合物直接转化入细胞进行基因编辑。

基础信息:

SSB:DNA单链结合蛋白,用于替代λ-Red重组系统

Cas9:基因编辑高活性蛋白

ssODN:单链寡核苷酸

tetR-dsODN:含四环素耐药基因的双联寡核苷酸,与ssODN一致作为HDR修复机制的供体模板。

Lipofectamine 3000:转染试剂

测试实验:删除大肠杆菌、假单胞菌和枯草芽孢杆菌的upp基因

1. gRNA

构建了在大肠杆菌、假单胞菌和枯草芽孢杆菌中针对upp基因的sgRNAs的转录模板。分别用引物对扩增sgRNA-1sgRNA-2sgRNA-3DNA模板,每个引物对作为自己的模板。使用T7转录试剂盒sgRNA-1sgRNA-2sgRNA-3进行转录。

2. 供体RNA

BGI合成不含四环素抗性基因的ssODN供体含有四环素耐药基因的tetR-dsODN供体

3.  sgRNACas937℃下孵育20分钟,制备RNP复合物。接下来,将 SSB溶液加入RNP复合材料中,在37℃孵育30分钟,得到RNP+SSB复合物。将RNP复合物和RNP+SSB复合物分别与 Lipofectamine 3000混合,在室温下静置20分钟,分别形成RNP转化系统和RNP+SSB非同源重组转化系统。RNP转换系统作为控制。为了形成同源重组转化系统,将RNP+SSB复合物加入同源片段(ssODN供体或tetR-dsODN供体)中,然后加入Lipofectamine 3000,在室温下混合20分钟。

4. 将转化系统共转化到大肠杆菌、假单胞菌和枯草芽孢杆菌原生质体中敲除upp基因

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参考文献:Chai R, Sun W, Xu Z, Yao X, Chen S, Wang H, Guo J, Zhang Q, Yang Y, Li T, Chen S, Qiu L. Gene editing by SSB/CRISPR-Cas9 ribonucleoprotein in bacteria. Int J Biol Macromol. 2024 Oct;278(Pt 4):135065. 

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SSB/CRISPR-Cas9基因编辑系统

核心思路:将SSB蛋白和sgRNACas9蛋白构成的核糖核蛋白复合物直接转化入细胞进行基因编辑。

基础信息:

SSB:DNA单链结合蛋白,用于替代λ-Red重组系统

Cas9:基因编辑高活性蛋白

ssODN:单链寡核苷酸

tetR-dsODN:含四环素耐药基因的双联寡核苷酸,与ssODN一致作为HDR修复机制的供体模板。

Lipofectamine 3000:转染试剂

测试实验:删除大肠杆菌、假单胞菌和枯草芽孢杆菌的upp基因

1. gRNA

构建了在大肠杆菌、假单胞菌和枯草芽孢杆菌中针对upp基因的sgRNAs的转录模板。分别用引物对扩增sgRNA-1sgRNA-2sgRNA-3DNA模板,每个引物对作为自己的模板。使用T7转录试剂盒sgRNA-1sgRNA-2sgRNA-3进行转录。

2. 供体RNA

BGI合成不含四环素抗性基因的ssODN供体含有四环素耐药基因的tetR-dsODN供体

3.  sgRNACas937℃下孵育20分钟,制备RNP复合物。接下来,将 SSB溶液加入RNP复合材料中,在37℃孵育30分钟,得到RNP+SSB复合物。将RNP复合物和RNP+SSB复合物分别与 Lipofectamine 3000混合,在室温下静置20分钟,分别形成RNP转化系统和RNP+SSB非同源重组转化系统。RNP转换系统作为控制。为了形成同源重组转化系统,将RNP+SSB复合物加入同源片段(ssODN供体或tetR-dsODN供体)中,然后加入Lipofectamine 3000,在室温下混合20分钟。

4. 将转化系统共转化到大肠杆菌、假单胞菌和枯草芽孢杆菌原生质体中敲除upp基因

763cf8d2847a72fc77fe5bd98dc43b63.png

参考文献:Chai R, Sun W, Xu Z, Yao X, Chen S, Wang H, Guo J, Zhang Q, Yang Y, Li T, Chen S, Qiu L. Gene editing by SSB/CRISPR-Cas9 ribonucleoprotein in bacteria. Int J Biol Macromol. 2024 Oct;278(Pt 4):135065. 

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