16S rRNA靶基因的DNA测序应用于菌种鉴定，依赖于迅速发展的互联网技术、计算机技术与分子生物学相结合而诞生的生物信息技术。世界范围内生物信息资源的交流、共享及在线核酸分析程序的开发，为细菌16S rRNA靶基因测序鉴定奠定了基础。目前，几乎全部原核生物的16S rRNA基因序列已测序成功并保存在公共核酸库中，且对于所有新命名的细菌，亦必须测序其16S rRNA基因并提交到公共核酸库中。因此，对于未知的细菌，只需要采用针对16S rRNA基因保守区的通用引物进行扩增和测序，再通过公共的核酸库进行核酸序列的Blast（http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi）分析，即可快速判定该细菌归于哪个属甚至哪个种，以及它与其他细菌在系统发育上的亲缘关系。