目前，16S rRNA基因的广范围引物序列已经公开（下表）。由于细菌16S rRNA基因的前500bp的变异较大，包含了丰富的种属信息，CLSI MM18-A建议采用4f-534r与27f-801r的引物组合进行PCR扩增和测序分析。但在一些科研究论文中，尤其是发表细菌新种的论文中，通常采用27f-1492r 或27f-1525r的引物组合进行广范围PCR扩增和测序。
细菌16S rRNA基因的PCR扩增参数基本如下：94℃ 5分钟；94℃ 1分钟，50～55℃ 1分钟，72℃ 1分钟，35个循环；72℃ 7分钟；4℃保温。