模式菌株（type strain）是被指定的细菌“种”的代表，是用于分类研究的“种”的参考模型。模式菌株可能不是一个种中最具有代表意义的成员，但通常是该种中第一个被研究的，且微生物学特征最为全面。目前，对于所有新命名的菌种，都必须指定一个模式菌株，并作为公共资源，保存到2个不同国家和地区的菌种保藏中心。模式菌株最初被翻译为标准菌株（standard strain），但两者的含义已经发生了变化。标准菌株是作为微生物检验的日常工作、科研工作质量控制的标准来使用的，具有某种细菌的典型特征、并作为质量控制标准的菌株，都可称之为标准菌株。由于应用目的不同，一个菌种可包含多个不同的标准菌株。但作为分类学意义上的模式菌株，一个种或亚种只能被指定一个唯一的模式菌株。