噬菌体分型运用于临床和流行病学评价，如院内感染、人的再次感染、有共同传染源的爆发感染等。在分子生物学方法建立之前，由于血清分型的识别能力有限，噬菌体是能够对相同血清型菌株再分型的唯一方法。但也有一些菌株不能用噬菌体进行分型。
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