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  • 一般检测出的峰值会有背景噪音,也就是文库会夹渣一些没有用抗体捕获的DNA片段也被测序了。

  • 开放的染色质区域比封闭的区域更容易断裂

  • 序列在基因组中分布不均

  • 允许我们在比对的控件中与相同区域进行比较

  • 消除 ENCODE 的 Black list的影响

所以会准备空白对照,排除假阳性,对照组有有两种类型:

  • input DNA:不用任何抗体捕获的DNA;

  • mock IP DNA:用不含有抗体的DNA

这样一来,就会让我们检测到的峰更明显更接近真实的生物学特征。



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