微生物进化系统的多项分类（polyphasic taxonomy）包括了表观分类、化学分类及分子分类各个分类水平的分析。简单归纳如下：

表观信息

（1）       表观特征：形态、培养特征及生理生化特性等、酶学、血清学（单克隆、多克隆）。

（2）       化学分类特征：细胞脂肪酸、枝菌酸、磷脂类脂、酶类、醌类、多胺、细胞壁化学组分、多糖。

（3）       电泳谱分析：蛋白质氨基酸分析（一维、二维结构）；酶型分析。

基因型信息

（1）       DNA总体：（G+C）含量、限制性酶切反应（RFLP，PFGE）、基因组大小、DNA-DNA杂交。

（2）       DNA片段：核酸分型（PCR扩增后分析ARDRA、RAPD、AFLP）、DNA探针、DNA测序分析。

（3）       RNA：碱基序列分析、小分子RNA分型。

（4）       RFLP即限制性内切酶片段长度多态性；PFGE即脉冲场凝胶电泳。

（5）       ARDRA即rDNA扩增片段限制性内切酶分析；RAPD即随机扩增多态性DNA。

（6）       AFLP即扩增片段长度多态性。