细菌根据其形态、培养特性和基因碱基序列的同源性进行分类。例如，双歧杆菌在分类学上属于 双歧杆菌属，可分为长(longum)和 短( breve属。乳酸菌这个名称不是分类学名称，而是发酵糖产生大量乳酸的细菌的总称 。可以提及。这些还可以进一步分类为乳酸杆菌属 中的嗜酸菌种（acidophilus species）和加氏菌种（ gasseri species）等细菌种。

在代表菌种的菌种中，有短双歧杆菌JCM1192T 、 加氏乳杆菌JCM1131T等“菌种” ，菌种是指从一种细菌分裂繁殖的一组细菌。属于同一菌株的不同菌株作为菌株具有共同的特征和性质，但是当检查各种性质时，每个菌株具有不同的性质。正如属于同一动物物种的人类具有不同的特征和个性一样，即使属于同一菌株的菌株也具有不同的特征。

众所周知，双歧杆菌和乳酸菌摄入后对健康有积极影响，但据说这种健康影响也因菌株而异。即使是相同的属和菌株，对人类的影响也因菌株而异，因此在摄入双歧杆菌或乳酸菌以促进健康时，是否有关于预期效果的研究结果等科学依据很重要。