牙周病被公认为是许多系统性疾病的危险因素，其主要致病菌牙龈卟啉单胞菌（Porphyromonas gingivalis）在口腔中的定植可导致肠道微生物群落结构紊乱，杆菌门数量增加，厚壁菌门数量减少，血清内毒素水平增加，导致肠道炎症发生。牙龈卟啉单胞菌还可入侵肝脏，引起相关疾病。有学者发现肝硬化患者肠道微生物组结构改变主要归因于大量口腔细菌入侵肠道。具核梭杆菌（Fusobacterium nucleatum）是牙周病的另一个重要相关菌。正常情况下几乎无法在肠道中检测出，但具核梭杆菌可定植于肠道，在结直肠肿瘤和炎性肠病中发挥重要作用。近期研究证实，具核梭杆菌可抑制T细胞介导的免疫反应，促进结直肠癌的发生，并与结肠癌的预后密切相关。

阑尾是人体微生物的储备库，定植于阑尾的微生物在特定情况下可重新定植于胃肠道。学者研究了急性阑尾炎患者阑尾的微生物组成，发现厚壁菌门是主要定植菌，其次是大量变形菌门、拟杆菌门和放线菌门等肠道菌群。同时检出了许多口腔常驻细菌，如双球菌属、微单胞菌属和梭杆菌属等，且梭杆菌属与阑尾炎严重程度密切相关。进一步研究发现，阑尾炎患者阑尾切除样本中梭杆菌属数量较健康人群显著增加，拟杆菌属数量显著减少，并检出卟啉单胞菌属定植。

唾液链球菌（Streptococcus salivarius）是口腔早期定植菌，可定植于肠道中，下调小肠上皮细胞的核因子κB（nuclear factor κB，NF-κB），在肠道炎症反应和内稳态中发挥重要作用。Zhang等通过对肝硬化患者以及肝硬化并发肝性脑病患者粪便微生物群落16S rRNA序列分析，发现唾液链球菌可移位到肝硬化患者肠道并过度增殖，是肝硬化以及肝硬化并发肝性脑病的重要诱因。白色假丝酵母菌在义齿性口炎的发生发展中发挥重要作用，Sugita等将其接种到无菌鼠口腔中，在小鼠粪便中检测到该菌，发现它在肠道中的定植与易感人群的食物过敏密切相关。有学者通过人群问卷调查发现，不良口腔卫生保健行为可改变口腔菌丛，引起肠道微生物失衡，导致IBD的发生。