无菌水保存法：亦是非常简易的菌株保存方法，先以玻璃螺旋试管装入适当无菌水，将生长于平板培养基上的菌种由菌落边缘切块，每边约5mm宽，将菌块放入无菌水中，再将试管锁紧并以石蜡纸密封，置于20℃下保存，这个方法对许多真菌都可适用，菌株通常可保存2年，多数菌株不会失去活性及病原性。尤其卵菌纲中的Phytophthora及Pythium，当使用其他冷冻保存法，保存后常常不能成功存活时，使用无菌水保存方法通常有效，但缺点是仍需要定期继代移植。
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