植物内生菌(endophyte)是指生活于健康植物组织内部、不引发植物明显病症的微生物，但在植物衰老或外界刺激条件下，植物自身免疫力下降，也可能出现某些病症；植物内生菌包括真菌、细菌与放线菌等，它们在其全部或部分生活周期内生活在植物组织内。
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