与真核细胞相类似，细菌和病毒的基因组中也包含甲基化修饰，用于调控基因的表达。微生物基因组包含多种碱基修饰，最常见的是腺嘌呤（6mA）或胞嘧啶残基（4mC和5mC）的甲基化。这些修饰通常来自RM(限制性修饰)系统，它在微生物中充当防御机制，保护细胞免受噬菌体或其他外来DNA的入侵。一般来说，RM系统既包括限制性内切酶(核酸内切酶)和识别同一序列基序（motif）的DNA甲基转移酶（MTase）。为了降解外源DNA，核酸内切酶识别并裂解基序。由于细菌自身的相同序列基序已被甲基化，因此受到保护而不被降解。DNA甲基化修饰已被证明还可以控制细菌的其他生物学过程，如细胞周期和DNA复制、错配修复、基因表达和致病性等等。原核生物中的DNA甲基化修饰为宿主适应变化多端的环境提供了独立于DNA序列变化的表观遗传学调控机制。

https://www.zhihu.com/question/525073959/answer/2416497491