基因工程的载体有克隆载体和表达载体之分。
克隆载体 用于在受体细胞中进行目的基因扩增的载体。作为基因克隆载体至少必须具备3个条件：①具有能使外源DNA片段组入的克隆位点。②能携带外源DNA进入受体细胞，或游离在细胞质中进行自我复制，或整合到染色体DNA上随染色体DNA的复制而复制。③必须具有选择标记基因，一般为两个或以上，目的是承载外源DNA的载体进入受体细胞后，以便筛选克隆子。目前已构建应用的基因克隆载体有质粒载体、噬菌体载体、病毒载体、以及由它们互相组合或者与其他基因组DNA组合而成的载体。但是这种载体可能只有复制起始位点而不具备与表达相关的启动子。
分子克隆中最常用的是大肠杆菌，但有时也会用其他微生物作为宿主细胞，所以在构建载体时可以在上面构建第二个复制起始位点，使他在另一个宿主细胞中也能进行复制，这种载体成为穿梭载体。
表达载体是适合在受体细胞中表达外源基因的载体，包括原核表达载体和真核表达载体，原核表达载体的要求：1，有一个强的原核启动子及其两端的调控序列；2，外源基因上游应有SD序列，而SD序列与起始密码子ATG之间有合适的距离；3，外源基因插入后有正常的阅读框架；4，外源基因下游有不依赖与p因子的转录终止子。
真核表达系统有酵母表达系统，哺乳细胞表达系统，昆虫细胞表达系统。真核表达载体大多是穿梭载体，有两套复制原点和筛选标记，一套在大肠杆菌中使用，一套在真核细胞中使用。