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2022-08-16 06:11:26       huishouzhan

核糖体内部转录间隔条(ITS)区域是正式的真菌条形码,在大多数情况下是探索环境样品中真菌多样性的首选标记。在对新生成的智能交通系统序列进行令人满意的分类分配方面,有两个问题尤其严重:(一) 缺乏包容性、可靠的公共参考数据集;(二) 缺乏提及真菌种类的手段,没有标准化的稳定方式获得拉丁名称。在这里,我们通过进一步开发用于真菌分子鉴定的UNITE数据库(http://unite.ut.ee)来报告这些方面的进展。在国际核苷酸序列数据库中,由至少两个ITS序列代表的所有真菌物种现在都被赋予了一个唯一的、稳定的加入编号类型名称(例如,膜孢子虫假性双蝽|GU586904|SH133781.05FU),并通过分布式第三方注释工作尽可能地纠正了它们的分类学和生态注释。我们引入了术语“物种假设”(SH),用于在不同相似性阈值(97-99%)上聚类发现的分类群。选择自动或手动指定的序列来表示每个这样的SH。这些参考序列被释放(http://unite.ut.ee/repository.php),供科学界使用,例如,局部序列相似性搜索和QIIME管道中。随着公共真菌ITS序列数量的增加,系统和数据将自动更新。我们邀请所有能够改进与其特定真菌谱系相关的注释或元数据的专业知识,通过UNITE中新的基于Web的序列管理系统来做到这一点。


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