• AMF单个孢子中存在多个rRNA序列，并且在这些共生体中发现了低拷贝数的高度保守基因的高度变异性，引发了对Glomeromycota遗传结构的激烈争论。最近，提出了两个假设来解释这种变异的来源，主要是在核间（多基因组）或核内（多倍体）水平。

• 
  

  许多作者报告的证据表明，序列变异的大小，以及来自Glomeromycota内明显不相关的分类群的序列在单个孢子中的存在，使得仅使用一个或两个AMF分离株的一个或极少数序列不足以在某些物种组中用于分类目的。

• 3

对AMF在不同基因中的遗传变异进行大规模的合作研究可以帮助解决这些重要共生体的生物学和遗传结构的基本问题。