首先要为大家介绍下质粒图谱包含的四大要素

1、复制起点：控制着质粒的复制，并决定了质粒的宿主和拷贝数；

2、筛选标记：多为抗性基因，以便加以检测筛选；

3、多克隆位点：外源基因的插入位点；

4、其他元件：如转录调控元件、翻译表达元件和蛋白标签等。

以下就用大家常用的pcDNA3.1(+)表达载体作为案例

第一步：了解质粒图谱中的复制起点

如上图谱中的ori表示质粒的复制起点。质粒的复制起点决定了质粒的宿主及质粒的拷贝数相关。若图谱上只有一个ori，表示质粒是原核克隆及表达质粒。而图谱上有两个ori，则表示该质粒是穿梭质粒，既可以在原核也可以在真核中复制。

第二步：了解质粒图谱中的筛选标记

图谱中的AmpR、KanR等表示质粒载体中的筛选标签，多为抗生素抗性基因，方便后续通过抗生素筛选阳性克隆。只存在单抗性的质粒多为原核克隆载体和原核表达载体。而存在两种或以上的抗性的多为穿梭质粒。

第三步：了解质粒图谱中的多克隆位点

图谱中的MCS区或者许多内切酶集中的部分，就是质粒的多克隆位点。多克隆位点为一系列限制性内切酶酶切位点，是外源DNA的插入位点，一般可通过酶切后连接的方式将外源DNA插入质粒。多克隆位点一般位于转录启动和转录终止信号之间。

第四步：了解质粒图谱中其它元件

质粒载体中除复制起始位点、筛选标记、多克隆位点外，还具有其他一些表达或调控元件，如转录调控元件、翻译调控元件和融合表达标签蛋白等。比如：

蛋白纯化标签蛋白：His-Tag，GST-tag等

蛋白检测标签蛋白：Myc-Tag，Flag-Tag，HA-Taq等

荧光蛋白表达标签：GFP，mCherry等