GFP绿色荧光蛋白，很直观，能够直接检到荧光，在普通的细胞培养条件下都能够观察到，对细胞的生命活动和其他并行的实验安排影响很小。荧光素酶（LUC）报告基因使用起来比GFP多一个步骤，因为荧光素酶（LUC）是个酶，不发荧光，发荧光的是它的底物，荧光素。荧光素在细胞里是没有的。 所以检测荧光素酶（LUC）的通常步骤是裂解细胞，释放荧光素酶(LUC)与荧光素及其他所需化学物质混合，才得到荧光。现在虽然也有活细胞内检测荧光素酶（LUC）的手段，但要将荧光素送入活细胞，本身就已要对细胞进行相当的干扰。所以一般来说荧光素酶（LUC）实验的同一批细胞不适合再做其他并行实验。
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