在霉菌计数中，主要使用以下几种选择性培养基： 1、马铃薯-葡萄糖-琼脂培养基（PDA）：霉菌在PDA培养基上生长良好。用PDA作平板计数时，必项加入抗菌素以抑制细菌。2、孟加拉红（虎红）培养基：该培养基中的孟加拉红和抗菌素具有抑制细菌的作用。孟加拉红还可抑制霉菌菌落的蔓延生长。在菌落背面由孟加拉红产生的红色有助于霉菌菌落的计数。3、高盐察氏培养基：粮食和食品中常见的曲霉和青霉在该培养基上分离效果良好，它具有抑制细菌和减缓生长速度快的毛霉科菌种的作用。
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