这种情况出现的几率较小，常出现在较大质粒或比较特殊的序列中。解决办法：1、降低培养温度，在20～25℃下培养，或室温培养可明显减少发生概率。2、使用一些特殊菌株，如Sure菌株，它缺失了一些重组酶，如rec类等，使得质粒复制更加稳定。3、质粒抽提有一个酶切不完全的原因就是溶液Ⅱ中的NaOH浓度过高造成的，请大家注意一下！
实验室常用的厌氧菌培养方法有厌氧罐（或盒）法、厌氧气袋法和厌氧手套箱法。厌氧手套箱价格昂贵、操作时间长、气体消耗大、不易推广，厌氧盒+厌氧气袋（或厌氧罐+厌氧气袋）应用最普遍、简便、方便实用，厌氧罐抽气换气法需配置抽气换气装置。第二代厌氧气体发生剂不需加水、不需触酶。在厌氧培养中必须使用氧化还原指示剂，一般采用亚甲蓝或刃天青，每次要新鲜配制。如果能在孵育的整个过程中维持厌氧条件，指示剂溶液将无色，否则指示剂则变色。
厌氧菌在生长过程中形成的胞外酶（也称预成酶preformed enzyme），在有氧条件下依然具有酶的活性。应用人工合成的呈色底物或荧光底物来检测厌氧菌的胞外酶，可在有氧的条件下快速鉴定厌氧菌，反应具有专一、特异和快速的特点。但是对厌氧菌的正确鉴定仍然依靠最基本的特征。
进行厌氧菌培养最好使用新配制的培养基。暂时不用的培养基应放在厌氧环境或在CO2环境中保存，为防止培养基吸收CO2而降低pH，应在培养基中加入0.4%碳酸钠。如无上述条件保存，在接种前应做预还原处理。液体培养基可用煮沸法进行驱氧，或添加还原剂（硫乙醇酸钠、L-半胱氨酸、甲醛次硫酸氢钠、葡萄糖、肝片或肉渣、金属丝或还原铁等）。琼脂平板可放在厌氧环境或在CO2环境中进行预还原。
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