对每一个特定的结合蛋白和探针，所用的纯化蛋白，部分纯化蛋白，粗制核抽提液需作优化：一般所用纯化蛋白的量在20-2000ng间，可将蛋白:DNA的等摩尔比调整为蛋白的摩尔数是DNA的5倍；用粗制核抽提液，需要2-10ug蛋白形成特异的复合物。部分纯化蛋白与粗制核抽提液应保存在-80℃、探针应保存在-20℃以防止降解。无论探针或是结合蛋白都应避免多次冻融。
1）蛋白样本提取质量不高，蛋白降解或者提取量不足。2）样本中没有可以与探针结合的蛋白。3）探针与蛋白无特异性的相互作用。4）转膜效率低，蛋白或者探针未转移到膜上。5）曝光或者成像时间过短。在Super-Shift EMSA测定中看不到Super-Shift DNA/蛋白复合物带还可能有以下原因：6）抗体没有工作。不是所有的抗体都可以用于Super-Shift EMSA，只有对非变性蛋白的表面抗原决定簇起反应的抗体才能够用于Super-Shift EMSA。7）测定的活化的DNA/蛋白复合物中没有希望检测的构成成分存在。此时既看不到Super-Shift的带，也看不到DN...
将结合蛋白或粗制核抽提液和目的探针结合，蛋白/探针复合物和游离探针可在非变性聚丙烯酰胺凝胶中经电泳分离。聚丙烯酰胺的浓度一般为6%，在特定条件下可用高或低的浓度。也可将TGE缓冲液（12.5mM Tris，pH8.3，95mM 甘氨酸，0.5mM EDTA）用于不稳定的蛋白/DNA复合物。在4℃进行结合和电泳实验以阻止不稳定复合物和探针的解离。当带型不紧密出现拖尾时，表明复合物存在解离。凝胶必需完全聚合，以避免带型拖尾。如复合物不进入凝胶则表明所用的蛋白或探针过量，或盐的浓度过量不适用于这一反应。在含抽提液的带中不含游离探针或复合物，但只含探针的带中有探针表明抽提物有核...
是一种研究DNA结合蛋白质和相关的DNA结合序列相互作用的技术，可用于定性和定量分析。基于DNA-蛋白质或RNA-蛋白质复合体在聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）中有不同迁移率的原理，当转录因子与特异的DNA或RNA结合后，其在PAGE中的迁移率将小于未结合核蛋白转录因子的DNA，从而检测到活化的与DNA或RNA结合的蛋白转录或调节因子。
质粒构建是分⼦⽣物学研究中最常⽤的实验技术。原理依赖于限制性核酸内切酶，DNA连接酶和其他修饰酶的作⽤，分别对⽬的基因和载体DNA进⾏适当切割和修饰后，将⼆者连接在⼀起，再导⼊宿主细胞，实现⽬的基因在宿主细胞内的正确表达。
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