继代保存：是最简便的真菌保存方法，将菌种接种于含适当培养基斜面的玻璃试管中，并定期进行继代移植，将生长良好的菌种放置于温度15℃-20℃下，大多数的菌种约每2-3个月移植一次即可。若将这些试管菌种放置于4℃冰箱中，多数菌种可延长到4-6个月再进行继代移植，有些菌种甚至可以达1-2年之久。这个方法的缺点是菌种经多次移植后，可能会失去其活性，包括其病原性或某些生理生化及形态特征。此外，若操作或保存时不小心所造成污染的机率较高。
矿物油保存：另外一种相当简便的保存方法，是在斜面试管培养的菌株上添加灭过菌的矿物油(liquid paraffin)，油量约高于培养基顶部一公分左右。这个方法除可避免培养基干掉外，主要借矿物油以隔绝气体交换，减少氧气的供给，使真菌生长及其代谢活动减缓。此法要注意矿物油的量，太多的矿物油，会造成菌株无法获得足够的氧气而死亡。当活化菌株时，须尽量减少agar块所黏附的矿物油，当首次移植活化的菌株时通常会生长较慢，而须多进行多一次移植程序以恢复菌株正常生长速度。以此法保存，大部分菌株通常可存活5-10年，不过为避免菌株退化，通常建议每两年需继代移植一次。这个方法的缺点主要是，容易被空气中的孢子所污染及活化菌种时较麻烦，不过对于一般实验室的菌株保存工作而言，由于不须特别的设备及仪器，故仍是相当值得推荐的方法。
无菌水保存法：亦是非常简易的保存方法，先以玻璃螺旋试管装入适当无菌水，将生长于平板培养基上的菌种由菌落边缘切块，每边约5mm宽，将菌块放入无菌水中，再将试管锁紧并以石蜡纸密封，置于20℃下保存，这个方法对许多真菌都可适用，菌种通常可保存2年，多数菌株不会失去活性及病原性。尤其卵菌纲中的Phytophthora 及Pythium，当使用其他冷冻保存法，保存后常常不能成功存活时，使用无菌水保存方法通常有效，但缺点是仍需要定期继代移植。
冻干保存：大部分可产孢的真菌可以使用冷冻干燥法保存法进行保存。方法是先将孢子悬浮液混合于20% 脱脂乳(skimmed milk，作为保护剂)中，取0.2-0.5 ml混合液滴于1 ml玻璃小管，以无菌棉花塞封住玻璃小管，将含菌玻璃小管冷却至-80C低温至少一小时，使之完全冻结，将含菌玻璃小管放进冷冻干燥机中，抽真空到约30 millitorr下，直至完全干燥后，取出玻璃小管放入内含矽胶粒的玻璃外管中，将外管于抽真空下以火焰器封管。大多数菌种以这种保存法保存可存活达数十年，使用时以无菌水回融干燥孢子粉即可，相当简便。
低温冷冻保存：先以解剖刀切取约1公分见方大小之菌丝块放入冷冻小管内，并添加10% 甘油作为冷冻保护剂，经程式降温仪缓慢降温，速率为-1℃/min，直至-70℃后将冷冻小管移入-80℃冰箱或液态氮槽中长期保存。菌种活化时可将冷冻小管取出，以37℃水浴环境下快速回温，之后将菌丝块取出于适当培养基上培养。这个保存法对绝大多数的菌种皆可以适用，且菌种特性无明显退化，被认为是最好的保存方法。然而对于卵菌类的水生菌类，成功率并不高。
