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                                                             细菌16S/真菌18S/ITS基因扩增测序

技术简介:

       16S rDNA是细菌分类学研究中最常用的“分子钟”,其序列包含9个可变区(Variable region)和10个保守区(constant region)。可变区因细菌而异,且变异程度与细菌的系统发育密切相关。通过检测16S rDNA的序列变异和丰度,可以了解环境样品中群落多样性信息。基于16S rDNA的分析在微生物分类鉴定、微生态研究等方面起到重要作用。

        扩增子测序就是通过对基因组目的区域进行PCR扩增,将目标区域DNA扩增富集后进行高通量测序的研究策略。目前扩增子测序服务主要包括细菌16SrDNA区/真菌ITS1区/真菌ITS2区/真菌18SrDNA区测序以及后续的数据分析工作,可有效研究特定环境中的物种信息,包括:物种差异、物种分类、物种丰度,对复杂环境中的微生物构成研究有重要的指导作用。

        16S rDNA测序 : 16SrRNA为核糖体的RNA的一个亚基,16SrDNA就是编码该亚基的基因,存在于所有细菌基因组。16S rDNA大小适中,约1.5Kb左右,同时具有高度的保守性和特异性。16S rDNA既能体现不同菌属之间的差异,又能利用测序技术较容易地得到其序列,目前已被广泛用于病原菌的检测和鉴定。
        18S rDNA测序 : 18S rDNA为编码真核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列。在结构上分为保守区和高变区,保守区反映生物物种间的亲缘关系,高变区反映物种间的差异。
        ITS 测序: 在真核生物中,18S rDNA和28S rDNA转录间隔序列称为ITS区。ITS分为两个区域:ITS1/ITS2,ITS1位于18S和5.8S之间,ITS2位于5.8S和28S之间。ITS由于是非转录区,承受的选择压力较小,变异强,目前已广泛用于真菌分类鉴定。
        功能基因测序: 功能微生物是在自然界中由于其功能的重要性而受到广泛关注的一类微生物,如硝化细菌、反硝化菌、氨氧化细菌、硫酸盐还原菌、固氮菌、固氮菌等。每种功能微生物在分类学上可能有很大不同,但却具有相类似的基因使其能够发挥同样的功能,因此使这些功能细菌发挥这种特定功能的基因就称为功能基因,如nxrA、nirS/nirK、amoA、dsrB、nifH、nifH。功能基因测序就是针对这些功能基因设计PCR通用引物,进行建库高通量测序。


应用领域:

  物种进化      

  进化分析

  物种丰度

  基因发现

  环境与生态研究

  疾病和个体化医疗


送样要求:

1. 样品形式可以是新鲜菌液、斜面培养基、平面培养基。

2. 鉴定结果一般可以鉴定到种。个别菌种由于微生物数据库相关数据缺乏,只能鉴定到属。如遇这种情况,正常收费。

3. 请您提供至少纯化三次以上的菌株,由于菌种不纯会导致测序出现套峰,因此鉴定结果会有所误差。如遇这种情况,正常收费。


交付结果:

微生物物种鉴定报告单(PCR电泳图,物种鉴定对比结果)、测序图谱。

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