一、菌株分离源不同

分离源又分为分离基物和采集地，分离基物直白点来说就是在什么物体分离出来的，比如说，水，土壤，食物，排泄物，动物肠道，包括人体分离等等，不同的分离物可能会影响菌株的某些特性，比如说常年间断被60Co照射的土壤可能会分离出耐辐射菌株，火山口附近可以分离出耐高温的菌株；不同的采集地比方说新疆、海南，南极等，同类分离物不同采集地可能会影响同属同种菌的培养温度。

二、菌株用途或者产物不同

以酿酒酵母为例，都是一个种属的，不同保藏编号适合不同酒类的酿造，还有不同保藏编号利用不同的发酵物产相同的产物，生产效率产量也不一样。

三、菌株抗性不一样

不同保藏编号的同种属菌株耐药性不一样，比如耐青霉素，或者多重耐氧菌

四、菌株血清型或者基因型不一样

比如不同的大肠杆菌血清型 O86：K61、O 127 : K63、O157:H7，他们的致病性也不一样。